Biblioteka gromadzi piśmiennictwo z zakresu botaniki i dziedzin pokrewnych – briologii, ekologii, fykologii, lichenologii, paleobotaniki, florystyki, geografii roślin naczyniowych, dendrologii, mykologii, ochrony przyrody, ochrony środowiska, leśnictwa, rolnictwa, ogrodnictwa, gleboznawstwa, geologii, archeologii, geografii, chemii, fizyki, medycyny i in.

Oprócz czasopism specjalistycznych i podręczników, gromadzone są także mapy, przezrocza, mikrofisze, atlasy botaniczne, słowniki, leksykony i encyklopedie przyrodnicze i geograficzne, słowniki językowe, a także literatura o charakterze popularnonaukowym.

Biblioteka posiada także bogaty dział starodruków, spośród których do najcenniejszych można zaliczyć:

Dorstenius Theodoricus – Botanicon continens herbarum aliorumque simplicium. Frankfurt, 1540 – jest to zarazem najstarsza książka w bibliotece;
Lonicer Adam – Vollständiges Kräuter-Buch oder das Buch über der Reiche der Natur.Augsburg, 1793;
Du Pinet – Historia Plantarum ex Dioscorici. Lughduni, 1561;
Siennik Marcin – Herbarz, to jest ziół tutecznych, postronnych i zamorskich opisanie. Kraków, 1568;
Syreniusz Szymon – Zielnik. Cracoviae, 1613.

Charakter unikalny na terenie Polski ma kolekcja starych flor, zawierająca wiele rzadkich prac, jak np. pierwszą florę Tatr G. Wahlenberga Flora Carpatorum Principalium exhibens plantas in Montibus Carpaticus inter flumina Waagum et Dunajetz. (Göttingen, 1814). Na szczególną uwagę zasługują ilustrowane atlasy roślin, należące do prawdziwych dzieł sztuki wydawniczej, np. Schmidel D. Casimirus Christophorus –Icones plantarum et analyses partium aeri incisae atque vivis coloribus. (Erlangae, 1793).

Polonica botaniczne obejmują prace klasyków polskiej botaniki z osiemnastego wieku – Krzysztofa Kluka, Stanisława Bonifacego Jundziłła, Józefa Jundziłła, Gabriela Raczyńskiego i wielu innych.

Do rzadkości należy kolekcja starych podręczników botanicznych, począwszy od prac Karola Linneusza, poprzez autorów XIX-wiecznych Edwarda Strassburgera, Józefa Rostafińskiego, do podręczników wydanych w pierwszej połowie XX wieku, np. Richarda Wettsteina, Dezyderego Szymkiewicza, Emila Godlewskiego seniora i innych.