Instytut Botaniki Polskiej Akademii Nauk został utworzony w 1953 roku i od początku jego istnienia jednym z głównych zadań w ramach jego działalności, było rozpowszechnianie wyników badań naukowych w formie publikacji.

Redakcje mieszczące się w Instytucie Botaniki PAN współpracowały z krakowską filią wydawnictwa naukowego PWN, które ze swej strony zapewniło skład i przygotowanie do druku publikacji.

Początkowo, od 1955 roku, wydawane było tylko jedno czasopismo – Fragmenta Floristica et Geobotanica  publikujące artykuły z wszystkich dziedzin botaniki, choć głównie prace florystyczne i dotyczące systematyki oraz zmienności roślin naczyniowych. Zamieszczano w nim prace zarówno w językach kongresowych, jak i polskojęzyczne. W początkowych latach redaktorem Fragmenta był Bogumił Pawłowski, a wkrótce potem Jan Kornaś z Instytutu Botaniki UJ. W latach 70-tych stanowisko redaktora naczelnego objął Adam Jasiewicz.

W roku 1960 pojawił się nowy tytuł: Acta Palaeobotanica pod redakcją Władysława Szafera, a następnie w latach 70-tych Andrzeja Środonia. Czasopismo poświęcono tematyce paleobotanicznej i palinologicznej. Publikując wyłącznie artykuły w językach kongresowych, a z czasem  tylko w języku angielskim, stało się jedynym paleobotanicznym czasopismem w Europie Środkowo-Wschodniej o zasięgu międzynarodowym.

Ponadto w latach pięćdziesiątych Instytut Botaniki PAN wspólnie z Polskim Towarzystwem Botanicznym rozpoczął edycję czasopisma "Wiadomości Botaniczne" zawierającego oprócz artykułów naukowych część informacyjno-dokumentacyjną, poświęconą wydarzeniom z życia botaniki polskiej.

Oprócz czasopism wydawane były mniej lub bardziej regularnie tomy następujących serii wydawniczych:

- Atlas Flory Polskiej (podserie poświęcone mchom, porostom, grzybom i roślinom naczyniowym);

- Flora Polska. Rośliny zarodnikowe Polski i ziem ościennych (w ramach serii wychodziły:

  flory grzybów, porostów);

- Flora Polski. Rośliny naczyniowe;

- Mała flora grzybów;

- Bibliografie botaniczne.

Stosunkowo długi czas oczekiwania na publikację artykułów (PWN obsługiwał wydawnictwa wielu instytucji w Krakowie) nasunął pomysł zorganizowania obok redakcji działalności wydawniczej na terenie Instytutu. Pomysłodawcami i założycielami Wydawnictwa Instytutu Botaniki PAN byli redaktorzy Zbigniew Mirek, Ryszard Ochyra i Jan Wójcicki - ówcześni redaktorzy czasopism.

Od 1990 roku utworzono w Instytucie Botaniki PAN Dział Wydawnictw, który we współpracy z redakcjami czasopism i redaktorami tomów monograficznych wykonywał następujące prace przygotowawcze: skład, łamanie,  naniesienie korekt autorskich i redakcyjnych, zlecenie druku, korekty ozalidów i czystodruków oraz magazynowanie i  dystrybucję nakładów publikacji.

Poczynając od lat dziewięćdziesiątych, korzystając już z własnego wydawnictwa, Instytut kontynuował wydawanie istniejących tytułów czasopism oraz serii wydawniczych, pojawiło się też nowe czasopismo Polish Botanical Studies, które wkrótce przekształciło się w serię opracowań monograficznych, publikującą prace w języku angielskim, które ze względu na objętość nie mogły być zamieszczane jako artykuły w czasopismach. Duże opracowania monograficzne zamieszczano też w nowych seriach suplementujących czasopisma:

- Fragmenta Floristica et Geobotanica Supplementum

- Acta Palaeobotanica Supplementum

Kolejną nowopowstałą  serię - Polish Botanical Studies Guidebook Series powołano celem publikacji opracowań o charakterze informacyjnym i dokumentacyjnym: np. przewodniki po zbiorach i instytucjach naukowych, słowniki, informatory, kodeksy, przewodniki warsztatowe, terenowe itp. Seria ta od 2000 roku kontynuowana jest pod skróconym tytułem Botanical Guidebooks.

Napływ do redakcji licznych polskojęzycznych artykułów z różnych dziedzin botaniki skutkował powstaniem w 1994 r. nowego czasopisma Fragmenta Floristica et Geobotanica Series Polonica (w 2000 roku skrócono tytuł na: Fragmenta Floristica et Geobotanica Polonica), pod redakcją Ludwika Freya. Nowe czasopismo oprócz regularnie ukazujących się numerów (do 2003 roczników, od 2004 dwóch zeszytów rocznie), również  było uzupełniane przez Fragmenta Floristica et Geobotanica Polonica Supplementum, w których zamieszczano większe opracowania.

Od 2001 roku rozpoczęto wydawanie "starych" Fragmenta  Floristica et Geobotanica pod zmienionym tytułem Polish Botanical Studies, jednak profil czasopisma pozostał bez zmian, a numeracja tomów była kontynuowana.

Po 1990 roku Instytut nadal wydaje wspólnie z Polskim Towarzystwem Botanicznym czasopismo "Wiadomości Botaniczne".

W latach 2002–2009 Instytut wydał 11 opracowań w formie list gatunkowych różnych grup roślin i grzybów jako kolejne tomy serii Biodiversity of Poland (Różnorodność biologiczna Polski).

Ponadto, poza czasopismami, suplementami i seriami Instytut Botaniki PAN wydał od 1990 roku ponad 50 opracowań monograficznych, w tym między innymi: "Czerwone Księgi" i listy ginących i zagrożonych gatunków roślin i grzybów, antarktyczne flory mchów i wątrobowców, liczne publikacje poświęcone taksonomii, rozmieszczeniu i kariologii traw, książki z zakresu paleobotaniki i palinologii, nie licząc wielu folderów, plakatów, materiałów konferencyjnych i innych okazjonalnych publikacji.

Poczynając od założenia Działu Wydawnictw w Instytucie w 1990 roku do końca grudnia 2011 r. łącznie wydano 369 publikacji o łącznej objętości 5729 arkuszy wydawniczych, co daje rocznie średnio 17 tomów książek i czasopism.

Od 2010 roku Dział Wydawnictw przeniesiono częściowo do nowo wybudowanego skrzydła najstarszego budynku Instytutu, w którym na najniższych kondygnacjach utworzono "Centrum Książki Przyrodniczej" z obszerną księgarnią na terenie której oprócz sprzedaży Wydawnictw Instytutu i książek przyrodniczych innych wydawców, organizowane są również czasowe wystawy, np. w 2012 roku "Salon Książki Przyrodniczej".