Instytut Botaniki im. W. Szafera  Polskiej Akademii Nauk funkcjonuje od 1953 roku. Jest nowoczesną placówką naukową prowadzącą badania z zakresu systematyki ewolucyjnej, fitogeografii, geobotaniki roślin i grzybów, różnorodności flor współczesnych i kopalnych oraz ekologii teoretycznej, stosowanej i inżynierii środowiska. Wśród najnowszych kierunków badawczych, od kilku lat z powodzeniem rozwija również badania genetyczne, ze szczególnym uwzględnieniem  analiz filogenetycznych i filogeograficznych.

Tematyka badawcza realizowana jest przez osiem zespołów zatrudniających ponad 40 pracowników naukowych, w tym wielu cenionych na świecie specjalistów z zakresu taksonomii roślin naczyniowych, glonów, mszaków, porostów, grzybów i śluzowców, a także paleobotaniki i ekologii.

Instytut bierze czynny udział w wieloaspektowych badaniach flor całego świata: Antarktyki, Antarktydy, Afryki, Ameryki Północnej i Południowej, Azji, Australii i całej Europy. Działalność badawcza odbywa się w ramach kilkudziesięciu grantów krajowych (MNiSW, NCN, NCBiR), a także szeregu projektów międzynarodowych (m. in. Programy Ramowe UE, Norweski Mechanizm Finansowy, Polsko-Szwajcarski Program Badawczy, Sieć Doskonałości EDIT).

Placówka dysponuje nowoczesnym zapleczem laboratoryjnym umożliwiającym prowadzenie  analiz molekularnych (m. in. sekwencjonowania DNA) i ekochemicznych oraz hodowli glonów i grzybów. Dysponuje także wysokiej klasy sprzętem optycznym do badań biologicznych. Przy Instytucie funkcjonuje stacja badawcza w Szarowie, wyposażona w laboratorium spektrofotometrii atomowej, chromatografii gazowej i cieczowej oraz stanowiskami do precyzyjnych analiz pierwiastków (C, N, P, S).

W Instytucie znajduje się największa w kraju naukowa kolekcja botaniczna zawierająca ok. 1,5 mln jednostek inwentarzowych. Obejmuje ona zielnik roślin naczyniowych, mszaków, porostów, grzybów i śluzowców, a także bogatą kolekcję zbiorów paleobotanicznych i trzecią co do wielkości w świecie ikonotekę glonów. Z kolei prowadzona wspólnie z Instytutem Botaniki UJ największa w Polsce Biblioteka Botaniczna liczy około 220 000 woluminów.

Przy Instytucie działa Wydawnictwo Naukowe IB PAN drukujące publikacje z różnych dziedzin botaniki. Wydawane są tu  m. in. trzy ważne czasopisma botaniczne: Polish Botanical Journal, Acta Palaeobotanica oraz Fragmenta Floristica et Geobotanica Polonica.

Instytut spełnia również rolę ważnego ośrodka kształcenia akademickiego w dziedzinie botaniki. Od 2000 roku w Instytucie działa Studium Doktoranckie Nauk Przyrodniczych PAN w Krakowie. Organizowane są również kursy i staże naukowe na różnych poziomach nauczania. Instytut posiada prawo nadawania stopnia doktora i doktora habilitowanego w zakresie nauk biologicznych.

W ramach działalności popularyzatorskiej, przy Instytucie działa Centrum Edukacji Przyrodniczej, w którym funkcjonują Biblioteka, Muzeum Botaniczne i Filmoteka Przyrodnicza.
W 2011 roku otwarto również nowoczesne Centrum Książki Przyrodniczej. Dla potrzeb różnorodnych imprez, od konferencji naukowych po wystawy fotograficzne, Instytut dysponuje nowoczesną salą wykładową i muzealną.