Badania prowadzone w Zakładzie obejmują następujące zagadnienia:

1. Bioróżnorodność grzybów głowniowych (Ustilaginomycotina) na świecie, ze szczególnym uwzględnieniem Afryki

2. Bioróżnorodność, specyficzność żywicielska i ewolucja grzybów głowniowych zarodnikujących w pręcikach roślin z rodzin Caryophyllaceae i Hyacinthaceae

3. Badania uwarunkowań występowania wielkoowocnikowych grzybów arktyczno-alpejskich w górach strefy umiarkowanej w kontekście dynamiki zasięgów w czasie i przestrzeni

4. Badania składu gatunkowego zbiorowisk grzybów mikoryzowych w reliktowych  populacjach Dryas octopetala w piętrze leśnym Karpat w stosunku do populacji wysokogórskich

5. Analiza taksonomiczno-biogeograficzna śluzowców przyśnieżnych gór Ameryki Południowej

6. Zróżnicowanie i dynamika zbiorowisk grzybów zasiedlających martwe drewno w lasach naturalnych i pierwotnych:

- sukcesja grzybów w kolejnych stadiach dekompozycji martwego drewna
- czynniki kształtujące różnorodność gatunkową grzybów na martwym drewnie
- wybiórcze następstwo gatunków – wpływ gatunków pasożytów i wczesnych saprobów na występowanie, różnorodność i skład gatunkowy saprobów związanych z późnymi stadiami rozkładu martwego drewna
- zbiorowiska grzybów i różnorodność gatunkowa na drewnie różnego formatu oraz stopień przywiązania do gatunku żywiciela lub podłoża w skali lokalnej i globalnej

Patrz także na opracowania:

Taksonomia grzybów i śluzowców

Ekologia grzybów i śluzowców

Inne kierunki badań i aktywności pracowników Zakładu Mykologii