Przy Radzie Naukowej Instytutu Botaniki im. W. Szafera PAN w Krakowie działają następujące Komisje:

Komisja Rady Naukowej Instytutu Botaniki im. W. Szafera PAN do spraw postępowań doktorskich;
Komisja Rady Naukowej Instytutu Botaniki im. W. Szafera PAN do spraw postępowań habilitacyjnych;
Komisja Rady Naukowej Instytutu Botaniki im. W. Szafera PAN do spraw oceny pracowników naukowych IB PAN.